1646年1月27日（正保2年12月11日）、沢庵は江戸で没した。墓は東海寺にあるが、もともと沢庵は墓は要らないといっていた。晩年の沢庵の言動は変節とも、家光に取り込まれたともいえる。このため沢庵についての歴史的評価はいまだに定まっていない。